Pada hari pembukaannya pada 16 Disember 2008, pemilik kenderaan yang memasuki Malaysia dari Singapura disambut oleh tulah masalah seperti beratur panjang dan kekeliruan trafik. Pengangkutan awam juga teruk terjejas; beberapa penumpang berkata menyeberangi tambak membawa mereka hampir dua jam, dan bukannya 15 minit kerana ia telah dengan pusat pemeriksaan yang lama. [2] (Walaupun pusat pemeriksaan baru mempunyai 76 lorong untuk kereta, ini 76 lorong berpisah dengan hanya satu lorong yang memasuki kompleks itu. Ini kerana hanya terdapat dua lorong memasuki kompleks. Daripada jumlah ini, satu adalah untuk kereta, dan satu adalah untuk bas dan kenderaan lain-lain.) Terdapat juga dilaporkan kekurangan tanda-tanda dan anggota polis, menyebabkan ramai pemilik kenderaan untuk mendapatkan hilang di dalam kompleks.[3]

Pada Januari 2009, notis yang dikeluarkan kepada pejalan kaki berjalan ke kompleks kastam menyebabkan kekeliruan di kalangan pejalan kaki dan pihak berkuasa adat Singapura. Pegawai-pegawai kerajaan telah mengambil perhatian bahaya berjalan ke kompleks kastam, dan mencadangkan pengharaman ke atas pejalan kaki. Ini membawa kepada tindak balas kritikal daripada pejalan kaki, yang mengadu kesesakan besar yang mereka sering dihadapi, serta menyatakan bahawa struktur jalan yang membawa kepada kompleks itu amat berbahaya dan tidak sesuai untuk pejalan kaki.[4]